这一年的下半年, 罗马不太安定。

先是秋天接连下了半个月的大雨，以至于罗马城内开始内涝。凡娜莎搬到城外的葡萄园暂住，露克蕾莎则带着戈弗雷在奇维塔韦基亚城堡常住。至于切萨雷, 他得跟教皇一起留在罗马。

雨势极大, 电闪雷鸣，有一天, 一道闪电恰好劈中亚历山大六世在教皇宫的卧室, 当时教皇正要就寝，两名仆人在伺候圣父。闪电导致教皇和两名仆人全都倒地，一度失去说话能力, 幸而白天教皇便恢复了健康。

事后，列奥纳多·达·芬奇被召唤到教皇宫, 设计了整个梵蒂冈的避雷针系统。

亚历山大六世巡视了两次罗马城, 慰问了一些受灾群众, 慷慨的许诺将在春天重新疏通沟渠，并承诺要大力整顿城市卫生，分片治理城市卫生, 不允许当街倾倒排泄物——没有及时排到台伯河的雨水沉积在街道上, 沟渠堵塞，排泄物反涌, 就算是冬天，罗马城也臭不可闻。

雨水几天后退下去，留下一地的死老鼠。

接着入冬之后, 罗马城里爆发了新的疫病, 主要还是黑死病。据说是从西班牙被赶出来、逃到意大利的犹太人带来的。